Bayındır, İzmir ilinin güneydoğusunda küçük menderes havzasında yer alır. İzmir’e uzaklığı 79km’dir. Toplam 588 km2’lik yüzölçümüyle İzmir ilinin % 4,91’sini kaplar. İlçe merkezi hükümet konağının bulunduğu yer itibariyle denizden yüksekliği 86m’dir.
Bayındır ilçesi, doğuda Ödemiş, batıda Torbalı, Kuzeyde Kemalpaşa ve Manisa’nın Turgutlu ilçeleriyle komşudur. İlçenin kuzey-güney doğrultusundaki uzunluğu yaklaşık 16 km, doğu-batı doğrultusundaki uzunluğu ise 25km’dir. İlçe merkezi Ege Denizine dik uzanan Bozdağlar dizinini üzerindeki Bayındır (582 m) ve Basra(663m) tepelerinin güney yamaçlarına kurulmuştur. Doğusundan gelen Küçük Menderes nehri ilçenin Tire ile sınırını oluşturmaktadır. Bayındır İzmir’e 60km, Tire’ye 19km, Torbalı’ya 32km, Ödemiş’e 35km, Selçuk’a 59km, Seferihisar’a 119km, Urla’ya 109km, Çeşme’ye 151km, Karaburun’a 177km, Kemalpaşa’ya 68km, Karşıyaka ya 90km, Menemen’e 109km, Foça’ya 145km, Bergama’ya 181km, Dikili’ye 186km, Kınık’a 200km, Kiraz’a 64km uzaklıkta bulunmaktadır. Ayrıca İzmir, Torbalı, Ödemiş ve Tire ile demiryolu bağlantısı bulunmaktadır. İlçenin kuzeyinde doğu-batı yönünde uzanan Boz dağlar önemli yükseltiyi oluşturur. İlçe Bozdağlar dizininde yer alan kuzeyde Çatma dağı (1337m) ve Çal dağı, kuzeybatıda Mahmut dağı (1382m), güneyde Küçük Menderes nehri ile çevrilidir. İlçenin güneyinde, Küçük Menderes nehrinin bulunduğu vadi tabanında alüvyon topraklarla kaplı Küçük Menderes çöküntü ovası yer alır. Küçük Menderes ovası başlıca tarım arazisini oluşturmaktadır.
İlçenin doğal göl, baraj ve gölet rezervuarları bulunmamaktadır. En önemli akarsuyu ilçenin güneyinde doğu-batı doğrultusunda uzanan ve Ege Denizine dökülen Küçük Menderes nehridir. Ayrıca ilçenin kuzeyinden güneye doğru inen kışın yağmur sularının toplandığı dere yatakları vardır. Bunlar Uladı Çayı, Ergenli Deresi ve Falaka Çayıdır. Kışın yağışların bol düşmesi halinde sularını Küçük menderes nehrine ulaştırırlar. Yazın ise kururlar. Akarsuların rejimlerinin düzensiz oluşundan dolayı tarım arazilerinin sulanmasında, ağırlıklı olarak yeraltı sularından istifade edilmektedir. Sulu tarım alanlarının %97’si yeraltı, %3’ü yerüstü sularından yararlanılarak sulanmaktadır.
Bayındır ilçesi ve çevresinde tipik Akdeniz iklimi etkisini gösterir. Yazları sıcak ve kurak kışları ılık ve yağışlıdır. Dağların denize dik olarak uzanması ve dağlar arasında uzanan Küçük Menderes alüvyal ovasının iç kesimlere doğru sokulması deniz etkisinin iç kesimlere dek yayılmasına imkân verir. En soğuk ay Ocak, en sıcak ay Ağustos ayıdır. Sıcaklık yaz aylarında ortalama 32,3oC, kış aylarında ise 11oC’dir. Yıllık ortalama sıcaklık 17oC’dir. Kar yağışı yüksek yerlerde nadiren görülür. Bayındırda hâkim rüzgâr yönü kuzeydir. Bayındır’a ait 59 yıllık meteorolojik veriler incelendiğinde toplam yağış miktarının en yüksek olduğu ay ve günün Aralık ayı olduğu anlaşılmaktadır. Temmuz ve Ağustos ayalında nadiren yağış görülür. İklim özelliklerinin olumlu olmasından dolayı tarım ürünlerinde çeşitlilik görülür. Sebzecilik ve meyvecilik yaygındır. Yılda birden fazla ürün alınabilmektedir. Bayındır’ın bitki örtüsü Akdeniz iklimi bitki örtüsü özelliklerini taşır. Maki bitki örtüsü hâkimdir. Kışın sert olmaması buralarda sert ve iğne yapraklı sürekli yeşil kalan, ışık isteği fazla, kuraklığa dayanıklı bitkilerin üremesine imkân vermiştir. İlçe yerleşiminin güney sınırını oluşturan demiryolunun güneyinde tarım alanları ve kavaklıklar yer alır. İzmir asfaltı ve demiryolu arasındaki imar planına sınır alanlar büyük çoğunlukta çiçek üretim seraları ve zeytin ağaçları ile kaplıdır. İlçe merkez yerleşmesinin doğu batı ve kuzeyindeki eğimli arazi tamamen zeytin ağaçları ile kaplıdır. Zeytinliklerin bittiği yüksek kesimlerde orman yer alır.
Yörede 500–600 m kadar olan kesimleri maki florası görülür. Belli başlı maki türleri içerisinde; zeytin, meşe, kocayemiş, zakkum, karaçalı gibi bitki türleri yer alır. Bu çalı örtüsünün tahribi sonucunda kurak ve taşlı kesimlerde, kuşkonmaz, abdestbozan, erguvan, yabani yasemin, katır tırnağı gibi bodur çalılarla sütleğen, sığır kuyruğu, kekik, lavanta çiçeği gibi otsu bitkiler yaygındır. Öte yandan kuytu ve sulak dere yataklarında çınar, kestane, söğüt, kızılağaç gibi geniş yapraklı ağaçlar bulunmak tadır. 1000 m kadar olan yükseltilerde kızıl çam, fıstıkçamı, daha yükseklerde karaçam yer alır. Ormanlar 24.690 hektar kapladığı alanla ilçenin %41,99’unu oluşturur. Ormanlık alan tamamen devlet eliyle işletilmektedir. Bayındır ilçesi içme suyu yeterli derecede mevcuttur. Merkez içme suyu şebekesine bağlı 5 adet alüvyon üzerinde ve 1 adet Emine suyu deresi içinde dağ eteğinde derin kuyu sondaj bulunmaktadır. Kuyuların ortalama debisi 20 lt/sn’dir. Kış aylarında 3 yaz aylarında 5 kuyu çalıştırılmaktadır.
İlçe sınırları içinde DSİ tarafından hazırlanan Küçük menderes ovası hidrolojik etüt raporuna göre yeraltı suyu emniyetli rezervi 22 hm3/yıl olarak hesaplanmıştır. Bu suyun tamamına yakını açılan derin kuyular ile çekilmektedir. İlçe sınırları içinde yeraltı suyu genel olarak ovalık kısımlarda veya dere vadilerindeki alüvyonlarda bulunmaktadır. İlçe sınırları içinde açılmış olan sondaj kuyularının derinlikleri 50–200 m,statik seviyeleri 25m civarında ve verimleri ortalama 10–60 lt/sn arasındadır.1985–1991 yılları arasında etkili olan kuraklık nedeni ile yeraltı suyu seviye düşümleri genel olarak 7–18m mertebesinde olmuştur.
İlçede bulunan Jeotermal kaynaklardan kaplıca olarak yararlanılmaktadır. İlçe sınırları içinde Ergenli ve Dereköy köy sınırları içinde bulunan kaplıcalar üç tarafı yüksek dağlarla çevrili bir vadi içerisindedir. Bayındır İlçesine 7 km uzaklıktadır. Kaplıcalarda su sıcaklığı ortalama 45 0C civarındadır. Kükürt, sodyum ve bikarbonat ihtiva eden kaplıcaların daha çok romatizma ve deri hastalıklarının tedavisinde başarılı olduğu belirtilmektedir.
Bayındır ilçesinin bir kısmı menderes masifi metaformik şistler üzerinde bir kısmı da neojen veya kuvaterner üzerinde kurulmuştur. Metaformik şistler alp orejenizinin şiddetli fazı veya çekirdek kısmı Bayındır’ ı içine almış bulunmaktadır. Güneyinde bulunan doğu-batı yönündeki şarıyaj ( bindirme ) hattının gerisinde kalan kütle tarafından güney yönünde kuzeye doğru şiddetli basınç uygulanması nedeni ile formasyon, yoğun kıvrımlara ve kırılmalara uğramıştır ve metamorfizme geçirmiştir. Fazlası ile sıkışmış kayaçlar kuvarsitleşme, kloritleşme, gnuysleşme ve mikaşistleşme sertleşmiş rijit bir yapı gösterir. Aynı zamanda karışık bir tektonik ha silesi olan eklem sistemleri gelişmiştir. Bu metaformik şistler güneye doğru dalarak neojen veya kuvaterner arazisi altına girmiştir.
Neojen ve kuvaterner arazisi tamamen killi kum veya kumlu bloklu kum çakıl ve kum bank ve tabakaları ile temsil edilmiştir. Neojen-menderes masifi kontağı boyunca metaformik blok yıkıntıları ve bloklar neojen arazisinde gömülmüş vaziyettedir. Neojen arazisi sertleşmiş veya az sert killeri inşaat için mahsur göstermemektedir. Her iki ünite de yerleşime elverişlidir. Ancak Bayındır depremsellik yönünden 1.derece deprem bölgesinde bulunduğundan inşaat yapısında gerekli deprem kriterlerine hassas bir şekilde uyulması gerekmektedir.
Jeolojik dönemlerden IV. zaman başlarında bugünkü Ege denizinin yeri karalar ile kaplı ejeit Anakarası idi. Bu zamanda doğu Anadolu’dan Yunanistan’a kadar olan alan kuzey ve güneyden Alp kıvrımlarının etkisi ile sıkıştırılmaya başlandı. Yüksek basınç altında Anadolu yarımadası yükselirken Ege Denizi’nin bulunduğu yerdeki Ejeit Anakarası alçalmaya ve çökmeye başladı. Bu anakara parçasının üzeri Akdeniz suları tarafından kaplandı. Bu çökme sonucu Batı Anadolu bölgesi ve dolayısı ile Ege Bölgesine rastlayan kısımda doğu batı doğrultusunda kırılmalar oldu. Sürekli biçimde sıkıştırılan bu bölgede kırıklar arasında kalan bazı yerler yükselerek (Horst) dağları, Bazı yerlerde alçalarak (Graben) ovaları oluşturdu. Ovalar Karaların içlerine kadar sokulmuş ve körfezlerde son buluyordu. Bu körfezlere dökülen akarsular zamanla körfezleri doldurdular. Bu yersel oluşum Anadolu’nun kıta sahanlığını Ege Denizinde saklı tutmaktadır. Anadolu’nun uzantısı olan bu sahanlık adını andığımız oluşumun kanıtlayıcı bir belgesidir. Kırık ve sıkışma sonucu oluşan adalarda bu öykünün simgesidir. Bu öykü son bulmuş da değildir. Olaylar zincirinin süregelmekte olduğu yerkabuğunun kesilmeyen oynaklığı ile ortadadır.
Bakanlar Kurulunun 18 Nisan 1996 tarih ve 96/8109 sayılı kararı ile yürürlüğe giren Bayındırlık ve İskân Bakanlığının hazırlamış olduğu Türkiye Deprem Bölgeleri haritasına göre Bayındır ilçesi I.derece deprem bölgesi içerisinde yer almaktadır.
Bölgemizde yapılan Bilimsel çalışmalarda ( Ömer AYDAN, Tokai University; Halil KUMSAR Pamukkale Üniversitesi; Reşat ULUSAY Hacettepe Üniversitesi ) Küçük menderes ovasında Ödemiş ile Kiraz ve Gediz ovasının doğu ucunda önemli ortalama gerilim hızı yoğunlaşmaları tespit edilmiştir. 1995–2000 yılları arasındaki depremlerin dış merkezlerinin yoğunlaştığı bölgeler gerilim hızı yoğunlaşmasının olduğu bölgelere karşılık gelmektedir. Ancak Küçük Menderes ovasında yüksek gerilim hızı yoğunlaşması oluşmasına karşın deprem oluşumunun hemen hemen yok denecek düzeyde olması bölgenin sıkı bir şekilde izlenmesi gerektiği şeklinde yorumlanabilir. Bu sonuçlara göre deprem yönetmelik ve zemin şartlarına dikkatle uyulması gerekmektedir.